Советую посмотреть в сторону phpDocumentator, правда придется самому сделать тему для него, чтоб сразу под двиг затачивало.
Плюс самому же удобней кодить будет если редактор поддерживает phpDoc, к примеру в NB наводишь на метод/функцию/класс с зажатым ctrl и тебе сразу вылазит подсказка с его описанием и за что какой параметр отвечает.
И в том же NB если ты комментировал код согласно стандартам phpDocumentator, можно одним кликом создать документацию на весь проект.