если обращений к данным не будет много то хранит в файлах, не стоит забивать базу не нужным мусором, так как бэкап с данными труднее восстановить если обрушится бд.
логи если юзер будет запрашивать их постоянно надо хранить конечно в бд, то что меняется часто за день в бд, если же это архивные данные то их стоит потом переводить из бд в файлы, у меня п.п. в 7500 партнеров, там логирование каждые 30 сек. Устроено по этому принципу за тек. день в бд потом перевод в папки, далее так:
log/id_uzer/data_xx_xx_xxxx/vxod.dat
log/id_uzer/data_xx_xx_xxxx/klik.dat
и т.д. очень просто организовать выборку данных за любое кол-во дней. Главное что это организовать надо продуманно и тогда ты разгрузишь базу для более важных вещей