Файлы лучше отдавать скриптом, формат файла определять mime_content_type, хранить файлы с левым расширением или без него, с именем которое нельзя узнать, в папке с отключенным пхп и закрытым доступом, хранить видимое имя файла в бд или файлах, отдавать скриптом, с отдачей только с допустимыми миме типами, иначе octet-stream.
В принципе этого достаточно что бы позволить загружать пхп и другие опасные файлы и отдавать их как текст..
Ни каких проверок содержимого файла не требуется.