Reflexs, ну вроде ясно все объяснил
нужно найти строку
$message = preg_replace('#\[code\](.*?)\[/code\]#ie', 'highlight_code("\1")', $message);
и заменить ее на эту
$message = preg_replace_callback('#\[code\](.*?)\[/code\]#i', 'highlight_code', $message);
на какой строке она у тебя я не знаю, можно же просто поиском найти