PDO это такая оболочка которая позволяет работать сразу с несколькими типами баз данных, к примеру mysql, sqlite, firebird, pdo встроен в ядро php и позволяет работать с mysqlnd, если сравнивать его с mysql который ставится как модуль php, то конечно pdo быстрее, к тому же его проще масштабировать
Нужно ли писать свою собственную оболочку, без сомнения да, стандартными методами, там довольно неудобно пользоваться
Если нужно удобство, то пользуйтесь ORM doctrine2, который даже круче всяких других orm в других языках, например activeRecord в руби или питоне
доктрина работает через pdo это и есть своя оболочка
написали один раз карту в yaml сделали связи, сгенерировали модели и вперед
если что могу проконсультировать по доктрине
