преимущество sqlite в том что он не использует внешних библиотек, все уже встроено в ядро
в php 5.3.0 появился новый встроенный драйвер mysqlnd это по сути как в sqlite работает
самый большой минус в sqlite что при записи блокируется вся база, то есть пока не запишет никто не сможет из нее прочитать и тем более записать, в mysql все это делается в несколько потоков
Не говоря уже что в sqlite отсутствует очень большое количество функций, поддержка внешних ключей появилась недавно, не распознает регист LIKE с русскими буквами и тд