Счётчик фиксирует хосты/хиты за текущие сутки. Таблицы хостов и хитов скриптом используются для предотвращения примитивной накрутки и для определения что есть хост, а что хит.
Отчёты простейшие - статистика хостов/хитов за сегодня, за вчера, всего. Причём все эти циферки кешируются в отдельной таблице. Крон их раз в сутки перезаписывает.
В общем скрипт изначально попал мне в руки в говнокоде это тяжело сказать. Его собирал какой-то школьник кусками кода из разных скриптов. У меня стояла задача исправить ошибки и по возможности оптимизировать хоть как-то базу. Всё это за минимальную стоимость ибо заказчик просто хотел проверить пойдёт ли сервис в гору или нет. Я предупреждал, что если сервис разрастётся будут проблемы, что и сейчас вышло.
Вижу, что развивать то, что есть, дальше нет смысла, его просто нужно создавать совершенно в ином варианте. Думаю дальнейшее обсуждение проблемы бессмысленно, так как MySQL тут не помощник.
Ещё раз всех благодарю за советы.