Ну к примеру легкость управления, на файлах можно быстрее что-либо отредактировать, быстрее внести изменения, не нужно заходить в phpmyadmin, на мускуле в случае отказа работы базы сайт недоступен будет, а нагрузить базу можно намного быстрее.
При небольшом количестве данных файлы будут быстрее, так как открыть и прочитать данные из файла быстрее чем подключиться к базе данных и сделать выборку оттуда
А на 70% сайтах как раз и народа немного