Поидее, нужно написать файл-модуль для SqLite (будет это класс, или набор функций - это отдельный разговор).
В этом модуле ты прописываешь стандартные (для твоего двига) процедуры, и далее, ВЕСЬ двиг общается ТОЛЬКО через эти процедуры (или функции).
Достоинство в том, что если захочешь, к примеру, вместо SqLite использовать к примеру MySQL, в двиге нужно будет заменить всего один файл (эту подстановку можно делать при инсталляции).
Как собственно и делают и в phpPP3 и в Drupal и др..
---
Для ярых сторонников "классов" справка
phpMyAdmin написан полностью в "процедурном" варианте, то есть не на классах.