Способов несколько, считываешь построчо файл в массив, удаляешь из массива строку и записываешь обратно в файл. Или копируешь все, что до и посде нужной строки в другой файл, удаляешь исходный файл, второй переименовываешь в имя первого.
Для очистки файла достаточно открыть его в режиме "w"...