Если папки или файлы не удаляются эт значит были созданы или модификация скриптом.
Пример :
Залито
1.php через ftp,чем поставлен через ftp 666.
СКРИПТ читает,пишет,меняет чемод на 644 . Все, файло можно читать через ftp, но не удалить,ни изменить,ни переименовать.
Простейший выход : убить файл через С-ПАНЕЛЬ.
Выход 2 : убить файл через скрипт и
ЕСЛИ НИКАК :
Убить файл через скрипт пользуя exec.
В папке ИЗ которой удалить надо создаем файл php
<?php
exec ("rm -r имяПапкиЖертвы");
?>
и переходим на него.
Удаляет папки вместе с содержимым - начисто.
Последний вариант - саппорт....