Flyd при записи или обновлении если их немного ты не увидишь разницы в скорости, а при больших обновлениях или добавлениях существует begin transaction->commit который при записях не закрывает и фиксирует данные каждый раз, а делает это в один присест и потом удаляет файл журнала
Разница лишь в том, что при любой записи файл блокируется для других процессов записей или обновлений, на sqlite2 блокируется и для чтения
на sqlite3 только при записи, но просиходит это очень быстро, тысячные доли секунды, а в мускуле может писать сразу в несколько потоков