Дублирую решение сюда:
Я пока так и не смог докопаться с чем это связано, но стабильно воспроизводится на серверах с CentOS 5.X и ISP manager.
в /etc/nginx/nginx.conf нужно поменять
"user nginx;" на "user root;"
без кавычек естественно.
Да, может быть не очень секьюрно, в плане уязвимостей nginx (а они бывают), но работает.
ЗЫ, почему-то проблема проявляется только на некоторых сайтах, иногда не видны стили, иногда картинки, иногда всё вместе.
Добавлено через 01:28 сек.
:-( Оказалось у ТС не тот случай.