У меня тоже такое было, прошел месяц , сайт не в индексе, потом принял все эти меры, и залез, сейчас правда 29 внешних ссылок на страницах, это наверное при установке движка их влепили,и не могу их найти и удалить, они невидимые, или внутренние ссылки считает за внешние, может я .htaccess неправильно отредактировал.