У Kohana скудная документация (но вроде исправляются), нет русскоязычного сообщества (развитого), ну а в остальном гибкий и мощный фреймворк. Есть полноценная поддержка ORM.
У Codeigniter очень подробная документация, переведенная на русский, большое русскоязычное сообщество
http://www.code-igniter.ru/, огромное количество примеров и библиотек, простота освоения. Иногда в упрек ему ставят - что он устарел и заброшен но недавно вышел очередной релиз 2.1 и уже на подходе 3.0.
Codeigniter вроде как по шустрее Kohana. Нет поддержки ORM в том виде, в каком она есть в Kohana (но можно прикрутить, хотя мне хватало псевдо-ActiveRecord, который идет из коробки).
Обрати еще внимание на Yii
http://yiiframework.ru/
Изменил: Neformat (03.01.2012 / 16:11)