Первая цифра берётся из квот (сколько файлов с группой юзера). вторая берётся из информации о пользователях (т.е. это сумма всего выделенного пространства для юзеров, а не фактический размер ЖД).
Можно написать в тикетах, помогу найти.
Либо самостоятельно:
http://jaserver.ru/doc/ssh-help
Примерно так:
du -sh /var/www/* (может выполняться долго)
Выдаст размер юзерских папок.
Часто место забивается логами (/var/log, /var/www/*/data/logs) или сессиями (/var/lib/php/session, /var/www/*/data/tmp).
Ещё, некоторые скрипты неистово срут в /tmp файлами GetID3*