XML vs PDO Mysql

Как вариант жестко задать с помощью define

11. Flyd, тоже вариант. Рассмотрю его. Хотя скорее всего остановлюсь на XML, eAccelerator, memcached. Спасибо всем кто участвовал!

я бы использовал JSON вместо XML, json_decode($settings, TRUE); работает быстрее чем simplexml_load_string/file().

Ну, БД тоже можно использовать, хотя бы для удобства редактирования (кроме подключения к БД, естественно). Удобство в том, что можно сделать настройки для каждого модуля прямо из админки. Вот пример для коханы:
http://progik.ru/blog/ctenie-i-zapis-nastroek-v-KO3

Ну, и при высоких нагрузках можно и кэшировать как и всё остальное (xml, ini и тп).
А вообще, там удобно сделано, можно хранить и в БД и в php массивах, а запрашивать данные одним и тем же методом.