Дима Лондон, это не самый хороший вариант, если файл один для всех пользователей, то есть вероятность его повреждения, так как он будет перезаписываться каждый раз для каждого пользователя... Те же 100 пользователей его сломают...
Добавлено через 03:15 сек.
лучше сделать в качестве флага файл. Создай папку с логином пользователя, и скриптом проверяй, если файл есть - новые сообщения, если нет, то и бог с ним. Когда кто-то кому-то написал открывай и записывай нужный файл в папке с нужным логином. В нем даже можно считать количество входящих. Когда открывается окно диалога или сообщений, файл удаляешь.