Контент внутри iframe не индексируется. Но поисковик все равно перейдет по адресу фрейма и проиндексирует его в пользу домена, который вставлен во фрейм.
Напр, если в страницу site.ru вставлен фрейм со страницы site2.ru/page.html, то проиндексирован фрейм будет в пользу сайта site2.ru.