Не в сервере дело, а в версии PHP под которую используется компилированный ffmpeg.
Можно в инете найти готовые решения модулей уже скомп. модулей. Я не в курсе как подбирать build's под PHP .. Просто методом перебора смотри, может какая подойдет :-)
Для выполнения действия необходимо авторизоваться!