Дерево комментариев

ну так и пиши...)

Простите за тупой вопрос а что это?

ты имеешь ввиду комментарии лесенкой?)

ну минимум: ид, субид, сообщение (ну не берем ид темы и тд)
Если сообщение в корне ветки, то без субид. Если сообщение "принадлежит" другому сообщению, то в субид пишем ИД того сообщения. так можно до бесконечности и не надо лишних таблиц)
Ничего сложного

еще как вариант section_id, section_left, section_right и выбирать по диапазону, а еще лучше всего поискать готовый клас и использовать его или сделать свой на его основе

"еще лучше всего поискать готовый класс и использовать его или сделать свой на его основе"
обычно там много лишнего! и классы для запросов это дааааа

Алгоритм называется NESTED SETS (вложенные множества) о котором упомянул #10 . Либо можно еще использовать алгоритм Adjacency List (списки смежности). Я бы даже его и выбрал.
И что мненравится в нем, так это не нужно использовать рекурсию если нужно вывести всех родителей потомка (включая и его).

Adjacency List
ну я почти так же и написал, просто там класс выборки из таблицы, а я таблицу нарисовал)