Однозначного ответа на этот вопрос нет! Существует много уязвимостей, и в каждом случае стоит делать по разному! Зайди в гугл, и найдешь много информации на свой вопрос
Вопрос очень простой, а ответ на него еще проще. Просто напросто нужно знать, что такое уязвимость с точки зрения php/mysql и учитывать это при написании скриптов (ну и перелопатить уже написанный скрипт).