Потому что с www. и без него для гугла это разные домены и, соответственно, разные сайты. Но контент в них одинаковый. Соответственно, гугл посчитал один из доменов (в данном случае с www) плагиатором и забанил его.
Для этого заблаговременно нужно было (сейчас еще не поздно) определить, важно тебе www или нет, и в .htaccess сделать принудительную переадресацию на домен с www или без него.
Впиши сейчас в .htaccess в корне сайта:
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(.*) [NC]
RewriteRule ^/?(.*) http://%1/$1 [L,R=permanent]
Это перенаправит все запросы с www. на URL без него.
Добавлено через 02:19 сек.
Либо второй вариант: в кабинете гугла в настройках сайта надо было указать домен с www. как зеркало основного домена (алиас). Но сейчас уже поздно, т.к. он уже в бане.