и опять Олегъ, сперва бы конечно хотелось узнать что конкретно в этих файлах
Скорее всего какой-то кэш данных
Таблицы mysql хранятся тоже в файлах
Ничего в этом плохого нет, а даже наоборот, если этот кэш редко обновляемый к примеру в нем хранится данные о города и странах, то данное место является самым быстрым, даже без opcache, и удобным, быстрее apcu, memcached или redis
Преимуществ много, простота, доступность и скорость получения этих данных
Если эти данные нужно постоянно обновлять, то тут уже лучше выбрать что-то другое, что можно хранить в оперативной памяти, так как нагрузку на обращение к диску никто не отменял