Теперь по вопросу темы
Во первых, автор, структурируй все свой файлы данных чтобы они имели разделители атрибутов, на пример по следующиму принципу
атрибут 1|атрибут 2|атрибут 3
атрибут 1|атрибут 2|атрибут 3
. . .
атрибут 1|атрибут 2|атрибут 3
здесь символ | будет разделять атрибуты, а перенос строки разделять сущности.
После чего учитывай весь файл в массив, в PHP это не составит проблем и разделяй каждую строку по символу разделителя атрибута, то есть |. Получим матрицу данных. Затем циклически или с помощью функций проходим по всем сущностям и меняем их местами если значение определенного атрибута меньше или больше следующего, а атрибуты с отрицательным значением удаляем полность. После чего записываем полученное в файл.