Можно проверять реферер, и если он не с твоего сайта, выдавать ошибку.
Это можно через htaccess сделать.
Можно отдавать файлы через скрипт, и скриптом проверять реферер.
Можно так же отдавать файл через скрипт, но ссылку на файл генерировать каждый раз новую.. Можно раз в сутки новую генерировать.