Посмотрел. Вобщем неплохо, чего уж там))
Об недочетах, или просто упущениях:
- .htaccess не нужен, если там просто закрыть доступ к папке. php файлы проверяют наличие константы, если ее нет - файл отобразит ошибку при прямом вызове. Вместо .htaccess можно вложить пустой index.html
- контроллеры, модели и представления наверное лучше делать абстрактной фабрикой.