Что значит 'находиться'?
Физически поддомен будет находится public_html/поддомен/ (назовем его например 'site' public_html/site/)
технически когда жмешь 'припарковать домен' или как то так, тебе выдается список всех существующих на аккаунте доменов и поддоменов.
В списке выбираешь тот поддомен которы специально создал для нового домена ('site.твой_сайт.ру') и жмешь 'прикрепить' или как то так.
После этого заходишь на фтп, -> public_html/site/ эта папка и будет корневой для прикрепленного домена. И этот сайт будет доступен по двум адресам, сайт.твой_сайт.ру и новый_домен.ком. Вроде все разжевал
попробуй.